지통천황 8년(694)에 藤原宮으로 옮기기 전까지의 궁궐이며 공식적으로 명칭이 정해진 것은 朱鳥 원년(686) 7월이다. 淨御原宮의 소재지에 대해서는 과거에는 奈良 縣 高市郡明日香村 大字飛鳥의 구 飛鳥小學校 부근이 유력하였으나, 발굴조사에 의해 明日香村大字岡의 전(傳) 板蓋宮跡地에서 각종 건물군, 유구 등이 출토되었고 또한 동남구획에서도 대형건물이 발견되어 이곳을 飛鳥原宮跡으로 이해하는 설이 유력하다.