일본서기(日本書紀)는 일본(日本)이라는 국호가 만들어지고 율령을 근간으로 하는 천황제 통일국가가 완성된 시점에서 편찬되었다. 그 내용은 일본의 건국신화를 이야기하는 신대(神代)로부터 일본국을 건국했다는 초대 신무(神武)천황에서 지통(持統)천황에 이르는 7세기 말까지 일본의 역사를 천황 중심 편년체로 구성하고 있다. 한편 [일본서기]는 자료가 영성한 한국고대사를 밝히는데 중요한 사료로 인식되고 있다. 하지만 기년(紀年)문제 등 신뢰성에 대한 이슈가 지속적으로 제기되기 때문에, 자료의 이용에는 엄정한 사료비판이 필요하다.
동북아역사재단에서는 6년여의 역주작업을 거쳐 2013년 1~3권의 역주서를 발간하였고, 표점 원문과 역주 국역문을 데이터베이스로 변환하여 제공하고 있다.