1. 1998년 9월 30일자 공동 서신을 통해 인도네시아 외무장관 (이후부터 인도네시아)과 말레이시아 외무장관은 1997년 5월 31일 콸라룸푸르에서 서명하여 1998년 5월 14일 (비준서를 교환한 날짜)에 발효한 양국간 특별합의를 사무총장에게 통보하였고 재판소 사무국에 1998년 11월 2일 접수하였다.

2. 특별 합의의 내용은 다음과 같다:

“인도네시아 공화국 정부와 말레이시아 정부 (이후부터 ‘당사국’)는 :
리기탄 및 시파단 도서의 영유권에 대한 분쟁이 발생한 것을 고려하고;
1976년 동남아에서의 우호·협력 조약에 명시된 것처럼 당사국간에 존재하는 우호적인 관계의 정신에서 이번 분쟁이 해결되기를 바라며; 그리고 더욱이 이 분쟁이 국제사법재판소 (이후부터 재판소)에서 해결되기를 바라며,
다음과 같이 합의하였다:

제1조
분쟁 부탁

당사국은 재판소규정 제36조 1항에 따라 재판소 분쟁부탁에 동의한다.

제2조
소송 대상

조약, 합의 및 양국이 제출한 기타 증거를 기초로 리기탄 및 시파단 도서의 영유권이 인도네시아 공화국에 있는지 아니면 말레이시아에 있는지의 재판소 판결이 요구된다.

제3조
절차

1. 제3조 2항에 언급된 시한에 따라, 절차는 재판소규정 제43조에 따라 구두변론과 서면변론으로 구성한다.
2. 거증책임에 관한 문제를 해하지 아니하고 그리고 재판소규정 제46조에 따라 서면변론은 다음과 같이 구성한다:
(a) 특별합의가 재판소 사무총장에게 통보된 후 12개월 내에 양당사국이 각각 동시에 제출하는 청원서;
(b) 상대방 청원서의 인증사본을 받은 날짜로부터 4개월 이내에 각 당사국이 제출한 청원답변서;
(c) 상대방 청원답변서의 인증사본을 받은 날짜로부터 4개월 이내에 각 당사국이 제출한 청원답변서의 답변서; 그리고
(d) 양당사국이 합의하거나 재판소가 직권으로 결정하거나 또는 필요시 당사국 일방이 요청하여 재판소가 허락하거나 규정시 청원답변서의 재답변서를 제출한다.
3. 상기 언급한 서면변론과 사무총장에게 제출된 부가서류는 사무총장이 언급한 당사국으로부터 요구되는 서면변론을 모두 제출할 때까지는 타방 당사국에 전달하지 않는다.
4. 구두변론의 순서는 양당사국의 합의에 의해 결정되며 만약 합의실패시는 재판소가 결정한다. 그러나 어떤 경우에든 채택된 변론순서가 거증책임에 영향을 주어서는 아니 된다.

제4조
적용 법률

동 분쟁에 적용 가능한 국제법의 원칙과 규정은 동 재판소규정 제38조에서 인정된 규정들이다.

제5조
재판소의 판결

양 당사국은 본 재판소에서의 판결이 특별합의에 따라 최종적이며 구속력이 있다는 것에 합의한다.

제6조
발효

1. 본 합의는 비준서를 교환함과 동시에 발효한다. 언급된 비준서 교환 날짜는 외교채널을 통해 결정한다.
2. 본 합의는 UN 헌장 제102조에 따라 양국이 공동으로 또는 당사국 중 일방이 UN 사무국에 등록할 것이다.

제7조
통보

재판소규정 제40조에 따라, 본 특별합의는 판결의 효력발생 후 양국이 공동으로 최대한 신속히 사무총장에게 통보한다.
관련 각 정부로부터 인가된 아래 서명인을 증인으로 본 합의에 서명하였다.

3. 재판소규정 제40조 3항에 따라, 공동통보 및 특별합의 사본은 재판소 사무총장이 UN 사무총장, UN 회원국 및 본 재판소 제소자격이 있는 다른 국가에게 발송한다.

4. 1998년 11월 10일자 재판소 명령을 통해 재판소는 서면변론과 관련한 특별합의 규정을 고려하여 양당사국의 청원서 및 청원답변서를 각각 1999년 11월 2일과 2000년 3월 2일까지 제출한다. 청원서는 정해진 기한내에 제출되었다. 1999년 8월 18일자 공동 서신으로 양당사국은 재판소에 청원답변서 제출 기한을 2000년 7월 2일까지 연장하기를 요청하였다. 1999년 9월 14일자 법원명령을 통해 재판소는 이 요구를 수용하였다. 2000년 5월 8일자 공동 서신을 통해 양당사국은 또 다시 청원답변서 제출 기한을 1개월 더 연장해 줄 것을 재판소에 요청하였다. 2000년 5월 11일자 재판소 명령으로 재판소장은 동 요청을 수용하였다. 양당사국의 청원답변서는 연장된 기한내에 모두 제출되었다.

5. 특별합의 조건에 따라, 양당사국은 타방의 인증된 청원답변서 사본을 수령한 후 4개월 이내에 답변서를 제출해야 한다. 2000년 10월 14일자 공동 서신을 통해 양 당사국은 재판소에 이 기한을 3개월 더 연장할 것을 요청하였다. 2000년 10월 19일자 재판소 명령으로 재판소장은 2001년 3월 2일자로 답변서 제출 기한을 결정하였다. 답변서는 정해진 기한내에 모두 제출되었다. 특별합의에서 양당사국이 각각 4번째 변론 제출 가능성을 열어둔 바, 2001년 3월 28일자 공동 서신을 통해 양당사국은 추가변론을 제출하지 않기를 희망한다고 재판소에 통보하였다. 재판소 역시 동 변론을 요구하지 않았다.

6. 재판소가 판사석에 양 당사국의 국적판사를 포함시키지 않았기 때문에 각 당사국은 재판소규정 제31조 3항에 따라 본 사건에 참가할 특별재판관을 선정할 권리를 행사하였고 인도네시아는 Mohamed Shahabuddeen를, 말레이시아는 Mr. Christopher Gregory Weeramantry를 선정하였다.

7. 특별재판관 Shahabuddeen가 2001년 3월 20일 사임하자 인도네시아는 2001년 5월 17일 사무국에 서면을 보내 인도네시아 정부는 Shahabuddeen를 Thomas Franck로 대체하기로 결정하였다고 재판소에 통보하였다.

8. 2001년 3월 13일 필리핀 공화국은 재판소규정 제62조를 근거로 재판소 사무국에 동 소송에 참가할 수 있도록 하는 허가신청서를 접수하였다. 그러나 2001년 10월 23일 판결을 통해 재판소는 필리핀의 신청서를 승인하지 않았다.

9. 2002년 3월 6일 재판소장이 주관했던 양당사국 소송대리인과의 회의에서 재판소규정 제31조에 따라 대리인은 구두변론 기구의 여러 부분에 대한 양국정부의 견해를 통보하였다. 특히 대리인은 양당사국이 인도네시아가 먼저 구두 주장을 하기로 합의하였음을 언급하며, 인도네시아는 이러한 순서가 인도네시아가 청원국으로 말레이시아가 대응국으로 간주되지는 않음을 이해하며 이는 입증 책임에 아무런 영향도 주지 않는다고 언급하였다.
그리고 동 회의에서 재판소는 양당사국의 견해를 고려하여 공개변론 개시를 2002년 6월 3일 월요일로 결정하였다. 그리고 2002년 3월 7일자 서신을 통해 사무총장은 양당사국의 대리인에게 이를 통보하였다.

10. 재판소규정 제53조 2항에 따라 양당사국의 견해를 확인한 후 재판소는 구두변론 공개시에 변론과 부가문서를 일반에 공개하기로 결정하였다.

11. 2002년 6월 3일부터 12일까지 공개변론이 진행되었고 재판소는 다음의 소송대리인으로부터 구두 변론 및 답변을 청취하였다.

인도네시아 측:
H.E. Mr. Hassan Wirajuda,
Sir Arthur Watts,
Mr. Alfred H.A. Soons,
Mr. Alain Pellet,
Mr. Rodman R. Bundy,
Ms. Loretta Malintoppi.

말레이시아 측:
H.E. Mr. Tan Sri Adbul Kadir Mophamad,
H.E. Dato' Noor Farida Ariffin,
Sir Elihu Lauterpacht,
Mr. Nico Schrijver,
Mr. James Crawford,
Mr. Jean-Pierre Cot.

＊

12. 서면변론 동안에 양당사국은 다음과 같은 부탁을 제출하였다.
인도네시아의 정부를 대신하여,
청원서, 청원답변서 및 청원답변서의 답변서에서:
“답변서에 언급된 내용들을 기초로 인도네시아 공화국 정부는 재판소가 다음과 같이 판결하고 공포할 것을 요구하는 바이다:
(a) 리기탄 도서의 영유권은 인도네시아 공화국에 있으며;
(b) 시파단 도서의 영유권은 인도네시아 공화국에 있다.“
말레이시아의 정부를 대신하여,
청원서, 청원답변서 및 청원답변서의 답변서에서:
“위에서 언급된 요소를 고려하여 말레이시아 정부는 리기탄 및 시파단도서의 영유권이 말레이시아에 있다는 것을 재판소가 판결하고 공포할 것을 정중히 요구하는 바이다.”

13. 구두 변론에서 당사국들은 다음과 같은 부탁을 제출하였다:
인도네시아의 정부를 대신하여,
“인도네시아의 서면변론 및 구두변론 사실과 법적 근거를 토대로 인도네시아 공화국 정부는 다음 사항을 재판소가 판결하고 공포할 것을 정중히 요구하는 바이다.”
(i) 리기탄 도서의 영유권은 인도네시아 공화국에 있으며;
(ii) 시파단 도서의 영유권은 인도네시아 공화국에 있다.”
말레이시아 정부를 대신하여,
“말레이시아 정부는 리기탄 및 시파단 도서의 영유권이 말레이시아에 있다는 것을 재판소가 판결하고 공포할 것을 정중히 요구하는 바 이다.”