발굴조사는 ‘고고학 야외조사 수행순서에 대한 규정’(2013년 1월 30일자)에 따라 실시하였다. 발굴대상 구역을 선정할 때에는 연해주 지역 발해 문화의 표지유적인 크라스키노 성에 대한 다음의 당면과제들을 고려하였다. 건축면들의 범위, 평면배치 상태 및 편년, 해당 건축물들의 연구, 전체적인 유적의 지형 및 부분적인 주거구역의 지형 연구, 주거지들과 다른 건축물들, 경제활동과 관련된 유구들에 대한 조사.

새로운 발굴구역은 미터 방안을 이용한 이미 존재하는 발굴구역들에 대한 확장방식으로 설정하였다. 발굴구역의 번호는 과거 이 유적에 설정된 발굴구역들의 번호를 참고하여 부여하였다. 발굴조사는 일반적으로 인정된 과정을 통해 준비하였다. 레벨 측량에는 1980년에 서문 가까이의 서벽 위에 세운 기준점을 기준으로 하였다. 기준점은 평면도에 표시되어 있다(도면 5).

발굴조사 시작 전에 발굴구역에 대한 제초 작업, 관목 제거 작업, (발굴조사가 계속 이어질 경우) 전년도에 현장 보존 조치한 것을 제거하는 작업을 하였다. 발굴조사는 층위에 따라 실시하였으나, 층위들이 너무 두꺼울 경우에는 두께 5~10㎝의 인공층으로 나누거나 상황에 따라 세부 정리 조사를 하는 방식으로 조사를 진행하였다. 발굴조사 중 출토된 모든 유물들에 대해서는 층위와 인공층에 따라 평면도에 표시하였고 사진촬영을 하였다. 발굴구역 전체의 표면, 구덩이들의 단면, 대형 유구들의 단면, 발굴구역의 벽과 둑 토층 등도 모두 실측 및 사진 촬영을 하였다. 토층의 색깔 표시에는 만셀라 색상표를 이용하였다. 모든 토층과 인공층, 토층 경계, 유구, 레벨이 차이가 나는 곳, 개별 유물, 고고학 유물 및 생태 유물 집적지, 목탄 시료 등에 대해서는 레벨 표시를 하였다. 개별 유물들은 평면도에 특정 기호를 사용하여 순서대로 번호를 부여한 상태로 표시하였고 레벨도 기입하였다. 대량 유물은 다른 특별 기호로 표시하였다(평면도 범례 참고).

전체 발굴조사 중 확인된 다양한 유구들(재구덩이, 주거지 수혈, 경제 구덩이)의 내부 퇴적토 일부는 처음에는 구멍의 직경이 0.25㎜인 체로 물체질을 하였고, 그다음에는 구멍의 직경이 2㎜인 체로 다시 물체질하였다. 야외조사의 조건에서 대부분의 개별 유물에 대해서는 유물 표시 작업, 실측, 보존처리, 일부 유물에 대한 사진 촬영을 하였고, 또한 부분적으로는 고고학 자료들에 대한 정리 작업과 분석도 실시하였다.

발굴조사 전 기간 동안 고고학 유물과 생태 유물에 대한 출토지점(발굴구역, 층위, 방안, 유구 등등) 기입을 병행한 목록 작성 및 야장 작업을 하였다. 대량 유물들도 층위, 인공층, 방안, 유구 등에 따라 수습하였고, 통계를 비롯하여 모든 방면에서 분석을 하였으며, 연구소의 연구실 조건에서의 작업을 위해 모두 운반하였다. 전체 발굴조사 기간 중에는 방사성탄소연대 측정을 위한 시료, 목재 수종 분석을 위한 탄화 목재 시료, 포유류와 어류의 모든 뼈, 연체동물의 패각들, 다양한 분석을 위한 토양 시료들 등을 수습하였다.

모든 출토 유물에 대한 분석, 고고학 및 생태 유물들의 마무리 손질 작업 등 나머지 작업들은 세부 전공자들(지구물리학자, 지질학자, 연체동물학자, 고식물학자, 동물고고학자 등)의 도움을 받아 연구소 내에서 실시하였다.

발굴조사가 종료될 무렵에는 다음 해의 발굴조사를 위해 발굴구역들을 모두 현장 보존 조치하였다.