크라스키노 성에 대해서는 팔라디이 카파로프가 1870년 8월 23일자 제정러시아 지질학협회에 보내는 서한에서 처음으로 언급하였다. 그는 중국 문헌자료들을 참고하였을 때에 “포시예트에는 얀추(얀치헤) 강과 기찐(까진) 강 사이에 옛날 군항이 있었을 것이다”라고 지적하였다. 후에 제정러시아 지질학협회의 과제에 따라 러시아의 극동지역을 여행한 팔라디이 카파로프는 1871년 4월에 이 성을 답사하고는 이 성을 제염 저장소의 흔적이라고 잘못 판단하였다(카파로프 1871).

1958년에는 G.I. 안드레예브와 J.V. 안드레예바가 엑스페지치야 만 부근의 연해주 남부 극동고고학조사단 해안 팀의 일원으로 고고학 지표조사를 하면서 이 성을 조사하였다(안드레예브, 안드레예바, 1958). 1960년도와 1963년도에는 E.V. 샤브꾸노프가 이 유적을 조사하였다(샤브꾸노프, 1968). 그는 성벽에 대한 측량을 하였고, 수집 자료, 특히 기와를 토대로 이 유적을 8~9세기로 편년하였다. E.V. 샤브꾸노프는 크라스키노 성이 발해 염주의 중심지였고, 이곳을 통해 발해와 일본의 교류가 이루어졌다고 생각하였다.

크라스키노 성에 대한 발굴조사는 1980년이 되어서 시작하였다. 1980~81년, 1983년, 1990년, 1994~2007년에는 V.I. 볼딘의 책임하에(볼딘, 1981~1983, 1990, 1994~2007), 2008년부터는 E.I. 겔만의 책임하에(겔만, 2008~2017) 각각 발굴조사가 실시되었다. 처음에는 발굴조사가 유적의 북서부분에 집중되었다. 이곳에서는 발해의 사역이 발굴되었고, 금당지, 탑기단, 10기의 기와 가마터, 우물, 사역과 성의 다른 부분을 구분하고 있는 석벽의 석축기초, 아래(下) 건축면의 숭배건축물 기초, 그 주변의 석축기단, 다른 건축물 등이 조사되었다(도면 6)(겔만, 2018; 겔만 외, 2000; 볼딘 외, 2001). 1997~1998년도에는 성의 서쪽 부분에 위치하는 성벽 구조에 대한 조사가 실시되었다. 1998년부터는 동쪽 부분에 대한 조사도 시작되었는데, 동문지와 그 주변의 동벽에 대한 조사가 시작되었고 지금까지 계속 조사되고 있다.

대부분의 발굴 유구들은 후기에 속하지만, 최근(2005~2011년도)에는 유적의 이른 시기 건축면들도 조사되었다. 성 안의 문화층 두께는 곳에 따라2 m 이상이다. 성의 주거구역인 제34구역(2005~2007년도)에서는 구역들 사이로 난 도로 흔적과 5개의 건축면에 속하는 6기의 주거지(1호~6호)가 조사되었다. 또 성에서의 주민 거주시기가 7세기 말~8세기 초임을 증명하는 방사성탄소연대들이 확보되었다(Boldinet, 2004; Boldin, Gelman, 2005; Boldin et, 2006; 볼딘 외, 2007; 볼딘 외, 2008).

2004년부터는 매년 크라스키노 성에서 지구물리학적 조사도 수행하고 있다. 크라스키노 성 내부와 그 주변에 대해 마이크로 자기 촬영이 이루어졌고, 성의 북동부분에서는 전기측량도 실시되었다. 2008년부터는 모든 발굴구역들에 대해 층위적 지자기 조사를 실시하였다. 그에 따라 조사 방법론이 개발되었고, 성 내부의 구획과 여러 건축물의 성격을 파악할 수 있게 하는 잠정적 결론들이 내려졌다(베스소노바, 이블리예프, 2007).

2008년도에는 제37구역에 대한 발굴조사가 마무리되었다. 이곳에서는 불교 사역과 관련된 유구가 발견될 것으로 기대하였으나, 제의적 성격의 유구 혹은 사역과 관련이 있는 유구가 전혀 확인되지 않았다. 제37구역 가장자리에서 서로 다른 건축면에 속하는 2기의 주거지가 부분적으로 조사되었다. 두 개의 발굴구역이 더 설정되었는데, 그 중의 한 발굴구역은 북쪽 부분이 제37구역과 이어지고 그리고 이곳에서는 윗(上) 건축면의 7호 주거지에 대한 조사가 계속해서 이루어졌다. 7호 주거지 아래에서는 파괴된 구들이 있는 8호 주거지가 발견되었다. 다른 발굴구역인 제40구역은 주거구역에 설정되었고 제34구역과 남쪽이 연결된다(『2008년도 연해주 크라스키노 발해성 한·러 공동발굴보고서』, 2010). 이곳에서는 위 건축면에서 초석 건물 벽의 석축기단과 일부가 제34구역에 포함되는 건물의 초석들, 그리고 폐기물 무지가 노출되었다. 2009년도에는 이 발굴구역에서 다시 네 개의 건축면이 조사되었는데, 이곳에서는 구덩이식의 노지와 지상식의 구들 난방구조가 있는 7기의 주거지, 여러가지 용도의 경제구덩이들이 발견되었다(『2009년도 연해주 크라스키노 발해성 한·러 공동 발굴보고서』, 2011). 발굴구역에 대해 분층 지자기탐사가 실시되었고 그리고 지리화학 분석을 위한 토양 시료채취가 이루어졌으며, 그 결과 문화층에 대한 지리화학 모델이 만들어졌다(베스소노바 외, 2013). 2009년도에는 처음으로 성의 남쪽 부분에 대해 조사를 실시하였는데, 여기에서는 흙을 덮은 도로의 흔적이 노출되었다.

2010년도에는 윗건축면의 구조물들 - 불교 사역에 인접한 곳의 구들이 있는 주거지 1기(제45구역)가 조사되었고, 궁전 유형 유구의 다른 부분과 그 안에 있는 석축기단 건물터(제44구역)에 대해 계속해서 조사가 실시되었고, 그 외에도 성 건축물의 대각선 방향 구조에 부합하는 석축기단 건물터가 더 조사되었다(『2010년도 연해주 크라스키노 발해성 한·러 공동발굴보고서』, 2011).

2010년 9월에는 크라스키노 성 고고학 발굴조사 시작 30주년 기념 학술회의가 있었다. 이 학술회의에서 크라스키노 성의 조사내용에 대한 기초적 총괄작업이 이루어졌다(발해: 역사와 고고학, 2010). 1998년부터 2017년까지 일본 아오야마대학(도쿄)에서 크라스키노 성 조사와 관련하여 12회에 걸쳐 러-일 학술회의가 개최되었다(크라스키노 성－성격과 기능, 2013; 동아시아 고대와 중세 성들의 성문과 열쇠가 딸린 자물쇠들, 2017).

2011년도에는 성터의 북쪽 부분에서 3개 지점이 조사되었다. 그 중의 2개 지점은 유적의 북서쪽 부분에 위치한다(2012년도 연해주 크라스키노 발해성 한·러 공동 발굴보고서). 이 2개 지점은 2010년도에 시작된 조사의 연장선상에서 이루어졌다. 제 45구역의 경계들에서 성터 북쪽 부분의 문화층의 형성과 변화가 일률적이지 않았음을 보여 주었다. 서쪽 섹터와 동쪽 섹터에서는 층위가 물의 오랜 침수에 대해 증명하는 다양한 광물 구성의 강모래 및 펄흙의 중첩이 존재함을 보여 주었다. 따라서 유적의 이 지점에서는 2010년도에 조사된 윗건축면만이 보존된 것이다. 제45구역의 남쪽 섹터에서는 두께 211~243cm의 퇴적층들이 조사되었는데 발해 성 주민들에 의한 이 지점의 부단한 사용에 대해 증명하는 것이다. 그 퇴적층들에는 제2~5건축면에 속하는 수 개의 유구들이 포함되어 있었다. 파괴된 석축 구조물들, 석탄과 토기가 섞여 있는 폐기물 퇴적들, 노지가 있는 17호 주거지 일부, 완전히 파괴된 주거지의 노지 잔해, 경제 구덩이, 아래(下) 건축면의 주거지의 잔해일 가능성이 있는 변형된 구덩이 등이 이에 해당된다.

제47구역은 크라스키노 성터에 대한 지리물리 조사 결과 발견된 지점에 설정되었다. 이곳에서는 윗건축면에 속하는 수기의 유구가 확인되었다. 발굴구역에 일부만 노출된 석축기단 건축물, 석축기단 건축물에서 남동쪽으로 15m 거리에서 2줄 고래의 구들이 있는 18호 주거지, 18호 주거지에서 남동쪽으로 2m거리에서 자갈을 깐 도로유구 등이 각각 조사되었다.

제48구역은 2010년도에 설정한 제44구역의 확장부인데 이곳에서는 제 44구역의 남쪽으로 석축기단 건물이 위치할 가능성을 보여 주었다. 제48구역의 범위내에서 윗건축면에 속하는 면적이 약 88m2인 건물터를 노출시켰고, 그리고 기단에서 북서쪽으로 기단과 나란히 다양한 크기의 건축용 돌무지를 발견하였다. 돌들 중에는 길이가 1.5m에 달하는 것들도 있는데 아마도 파괴된 건물의 석축 구조물의 잔재들일 것이다.

2011년도에는 크라스키노 성터에서 처음으로 탐침조사를 실시하였는데 전체 발해 유적조사에서 처음 적용된 것이다. 탐침은 지리물리학적 방법으로 확보된 자료들을 검증하기 위해서, 유적의 서로 다른 지점들에 대한 층위를 보다 명확하게 하기 위해, 그리고 아랫건축면들에 위치하는 석축 구조물들이 있는 유구들을 확인하기 위해 실시되었다(겔만, 이블리예프, 2013). 탐침조사는 3개 지역에서 실시되었고, 그 중 2개 지역에서 다양한 건축면에 속하는 11기 건물의 석축기단들이 확인되었다. 세 번째 지역에서는 성벽에서 서쪽으로 300m 떨어진 거리에서 석벽이 있는 발해 무덤이 발견되었다. 따라서 지리물리학적 조사의 결과를 검증하였을 뿐만 아니라 유적 내의 층위 양상이 지역에 따라 다른 것도 확인하였다. 이는 유적의 다양한 거주 성격과 크라스키노 성 주민들의 경제 활동 및 자연적인 변화의 결과에 대해 말하는 것이다(겔만 외, 2016).

또한 2011년도에는 크라스키노 성터 주민들의 경제적 이용 지역에 대한 다방면의 연구 목적으로 러시아과학원 극동지소 태평양해양학연구소 및 극동지질학연구소들의 연구자들과 공동으로 9~10세기에 성의 주민들이 건축과 일상생활에 사용하였던 석재 자원에 대한 조사도 실시하였다(V.T. 스예딘 외, 「(연해주)크라스키노 성의 광물」, 2013). 석재 자원의 가능한 운송 경로들이 파악되었고, 인접 지역의 경제적 이용지역의 추정 경계도 표시되었다.

2012년도에는 성의 주거구역에 해당되는 북서쪽 부분(제44구역과 제48구역)과 북쪽 중앙부분(제47구역), 그리고 서문지에서 서쪽으로 300m 거리 지점(제1구역과 제2구역) 등 모두 4개 지점에서 발굴조사를 실시하였다. 서문지에서 서쪽으로 300m 거리 지점에서는 발해의 무덤이 조사되었다(겔만 외, 2013). 제44구역과 제48구역의 경계 부분에서는 2010년도에 노출되었던 기단 건물터(상(上)건축면)와 열주 유형의 기단 건물터가 정리 조사되었고, 일부가 잔존한 그리고 부분적으로 그 경계 안으로 들어간 20~22호 주거지의 흔적들 및 보다 작은 10기 이상의 유구가 조사되었다. 제47구역 내에서는 구들이 딸린 19호 주거지가 조사되었는데 이 주거지는 상건축면에 속한다. 성 주변에서는 무덤 2기의 잔재가 조사되었다.

2013년도에는 제44구역 내의 거주 공간에 대해 일부 조사가 진행되었는데 이곳에서는 9호 주거지와 경제 마당의 잔재들이 조사 완료되었고, 21호 주거지에 대한 조사는 계속 이어졌으며, 제2건축면의 23호 주거지는 일부 노출 및 조사되었다(『연해주 크라스키노 발해성 2013년도 발굴조사』, 2014). 유적의 북쪽 부분에서는 제47구역(2011년)에서 섹터 6과 섹터 7을 확장하여 장축이 서-동 방향인 윗건축면의 도로 유구를 노출시켰다.

2014년도 발굴 기간에는 크라스키노 성 북서쪽 부분에 위치하는 그리고 2010년도와 2013년도에 이어 제44구역의 거주 공간에 대해 계속해서 조사를 하였다. 이곳에서는 13호, 14호, 15호, 24호 주거지를 포함하여 20기 이상의 유구가 조사되었다. 당시 이곳의 동쪽 섹터에서는 조사가 완전히 완료되었는데 제3~제6건축면에 속하는 퇴적층들이 확인되었다(『연해주 크라스키노 발해성 2014년도 발굴조사』, 2015). 2014년도의 중요성과 중의 하나는 과거 다른 발굴구역들에서 확인된 5개 건축면 대신에 이 유적에 모두 6개의 건축면이 존재한다는 사실을 밝힌 점이다. 성의 북쪽 부분에서는 제49구역에서 2개의 도로 유구가 한꺼번에 교차점과 함께 확인되었다. 도로의 방향은 하나는 북-남 방향, 다른 하나는 서-동 방향이었다. 그 결과 한꺼번에 성 안 북쪽 부분에서 4개 구역의 일부를 파악할 수 있게 되어 향후 도시 구획과 관련하여 발굴의 방향성을 설정할 수 있게 되었다.

2015년도에는 크라스키노 성의 북쪽 부분과 동쪽 부분에 설정한 6개 지점에서 조사를 진행하였다. 성의 북쪽 부분에서는 제44구역(서쪽 섹터), 제47구역(섹터 2), 제47구역(섹터 6), 제50구역 그리고 제51구역에서, 성의 동쪽 부분에서는 동문지 일대의 제52구역에서 각각 조사가 이루어졌다(연해주 크라스키노 발해성 2015년도 발굴조사). 제44구역(서쪽 섹터)에서는 발굴조사를 완료하였는데, 2기의 경제 구조물 및 석축기단 건물을 포함하는 제6건축면의 잔재를 조사하였다. 성의 북서쪽에 위치하는 제51구역에서는 1995~1997년의 발굴구역 일부와 2016년도 확장부분을 포함시켰다. 이 발굴구역 내에서는 성의 서벽과 사역을 따라 돌이 깔린 도로 유구가 조사되었다. 성의 북쪽 부분인 제47구역(섹터 2)에서는 2014년도 섹터 3의 도로 유구 퇴적물 조사 시에 드러난 것과 동일시기에 해당하는 제2~4건축면 퇴적물들이 조사되었다. 이곳의 제2건축면에서는 온돌 난방구조의 잔재가 남아있는 주거지가 조사되었다. 제47구역(섹터 6)에서는 제2건축면과 제3건축면의 유구들이 노출되었다. 경제 건축물의 잔재들과 초석이 부분적으로 남아 있는 흙 기단의 건물 잔재들이 발견되었다. 제50구역에서는 윗건축면에 속하는 몇몇 유구들이 노출되었다. 그 유구들 중에는 생활 폐기물들이 들어있는 3기의 수혈 구덩이도 포함된다. 서-동 방향으로 나있는 새로운 도로 유구 구간이 발견되었는데 2014년도에 발견된 도로 유구의 연장선상에 있는 것이다. 다시 말해서, 이 도로는 상당히 긴 구간에 걸쳐 성을 횡단하고 있음이 확인된 것이다. 성의 동쪽 부분에서는 제52구역의 범위 내에서 크라스키노 성 동문지에 대한 발굴조사가 계속해서 진행되었고 그리고 동문지에서 성 안쪽으로의 통로의 경계를 밝혀낼 수 있었다.

2016년도의 발굴조사는 제48구역의 동쪽 섹터에서 진행되었다. 이곳에서는 이웃하는 발굴구역들 비교할 때에 제2~제4건축면에 해당하는, 다시 말해서 대략 750~830년에 해당하는 발해문화층 유구들이 조사되었다. 전체 면적이 27m2 이상인 석축기단(5×5.4m)을 가진 제2건축면의 주거지 잔재에 대한 조사를 마무리하였다.

제3건축면에서는 경제적 의미를 가진 유구들이 확인되었다. 주거지 아래의 북쪽 모서리 부분에서 거의 사각형인 구덩이 형태의 경제 구조물이 발견되었다. 이 구조물은 크기가 2.32×2.30m이고, 전체 면적이 5m2 이상이다. 수혈 구덩이 2~5로 명명된 유구들은 제4건축면에 해당된다. 그 중에서 수혈 구덩이 2와 4는 아마도 주거지 수혈구덩이의 잔재일 것이다.

2017년도의 발굴조사는 크라스키노 성의 북서쪽 부분(제51구역과 제53구역) 및 북쪽 중앙부분에서 실시되었다. 제51구역에서는 자갈을 깐 도로 유구가 조사되었다. 2015년과 2017년 두 발굴 기간을 통해 도로 유구에서 2개의 건축면을 조사할 수 있었고 그리고 세 번째 건축면의 상면을 노출시킬 수 있었다. 도로는 지속적으로 보수가 되었음이 확인되었는데 사역에서 사용한 생활 폐기물과 건축 폐기물들이 도로 보수에 사용되었다. 제53구역에서는 윗건축면이 조사되었고 그리고 제2건축면에 대한 발굴조사가 시작되었다. 윗건축면에서는 경제 마당의 잔재가 조사되었는데 이 마당은 아마도 구들이 딸린 주거지 중의 하나에 속하였을 것이다. 제1건축면의 유구들은 현대의 경제활동(경작, 건축)으로 인해 심하게 훼손되었다. 한 발굴구역의 섹터에서는 20세기 초에 한인 농부들이 남긴 3개의 수혈구덩이가 발견되기도 하였다.