1. 1998년 11월 2일의 재판소 사무국(the Registry) 기록에 포함되어 있는 1998년 9월 30일자의 합동 문서에 의하면, 인도네시아 공화국(이하 ‘인도네시아’라 한다)과 말레이시아의 외무 장관들은 사무국장(the Registrar)에게 양국간의 특별합의 기록을 통지하였는데 그것은 1997년 5월 31일 콸라룸푸르에서 서명된 것이며, 비준 문서의 교환일인 1998년 5월 14에 효력을 가지게 되었다.
앞서 언급한 특별합의에 따라, 당사국들은 재판소에 다음과 같이 요청하고 있다.

“리기탄과 시파단 도서에 대한 주권이 인도네시아와 말레이시아 가운데 어느 편에 속하는 것인지는 조약, 협정 및 당사국이 제출한 다른 증거에 기초하여 결정해 주십시오.”

특별합의 3조의 2항에서, 당사국들은 서면변론(written pleadings)은 아래와 같은 문서들로 구성되어 있어야 한다는 것에 동의하였다.

“(a) 준비서면(Memorials)은 각 당사국들에 의해 재판소 사무국에 이 특별합의 의 통지 이후 12개월 이내 제출된다;
(b) 답변서(Counter-Memorial)는 각국이 다른 당사국의 준비서면의 인증된 사본을 받은 날로부터 4개월 이내 제출된다;
(c) 항변서(Reply)는 각국이 다른 당사국의 답변서의 인증된 사본을 받은 날로부터 4개월 이내에 제출된다; 그리고
(d) 재답변서(Rejoinder)는 당사국들이 동의하거나, 또는 재판소가 직권으로 혹은 일방 당사국의 신청에 의해 소송절차에 있어 이 부분이 필수적이며 재판소가 재답변서의 제출을 승인하거나 지시하는 경우“.

2. 재판소 규정 40조 3항에 따라, 공동통지와 특별합의의 사본들은 사무국장에 의해 유엔 사무총장, 유엔 회원국들과 재판소에 출정할 권한을 부여받은 다른 국가들에게 송달되었다.

3. 1998년 11월 10일자 결정(Order)에 의하면, 재판소는 서면변론에 대한 특별합의의 조항들에 관하여, 1999년 11월 2일과 2000년 3월 2일을 각국이 준비서면과 답변서를 제출할 각각의 마감시한으로 확정하였다. 준비서면은 전술한 마감시한 안에 제출되었다. 1999년 8월 18일의 공동서신에 의해 당사국들은 자신들의 답변서를 제출하기 위한 마감시한을 2000년 7월 2일로 연장하여 줄 것을 재판소에 요청하였다. 1999년 9월 14일의 결정에 의하여, 재판소는 그러한 요청에 동의하였다. 2000년 5월 8일의 공동서신에 의해 당사국들은 자신들의 답변서를 제출하기 위한 한 달간의 마감시한 재연장을 요청하였다. 2000년 5월 11일의 명령에 의해 재판소 소장은 그러한 요청 또한 동의하였다. 당사국들의 답변서는 이렇게 연장된 마감시한 내에 제출되었다.

4. 특별합의의 조항에 따라, 양당사국들은 각각이 다른 당사국의 반대 청원의 인증된 사본을 받은 날짜 이후의 4개월이 지나지 않아 답변서를 제출하게 되었다. 2000년 10월 14일의 공동문서에 의해 당사국들은 이러한 마감시한을 3개월 내로 연장하여줄 것을 요청하였다. 2000년 10월 19일의 결정으로, 재판장은 2001년 3월 2일을 당사국들이 답변서를 제출하는 마감시간으로 결정하였다. 답변서들은 규정된 제한시간 내에 제출되었다. 특별합의 각 당사국들의 4번의 요청에 대해 가능한 정리를 제공하였다는 사실의 관점에서, 마지막청원은 2001년 3월 28일의 공동문서에 의해 그들은 더 이상의 청원 절차를 희망하지 않는다는 것을 재판소에 공지하였다. 재판소 역시 스스로 그러한 청원을 요구하지 않았다.

5. 재판소는 인도네시아나 말레이시아 국적의 재판관석을 포함하지 않고 있었기 때문에, 양당사국은 자신의 권리를 재판에서 배석할 판사를 특별히 선정하기 위한 조항인 31조 3항에 의해 행사하였다. 인도네시아는 모하메드 샤하부딘을, 말레이시아는 크리스토퍼 그레고리 위러멘트리를 각각 선정하였다.

6. 2001년 2월 22일의 문서에 의해, 필리핀 공화국(이하 ‘필리핀’이라 한다) 정부는 재판소 규칙 53조 1항에 의거하여 당사국들에 의해 정리되었던 청원서와 첨부문서들의 사본과 함께 그것을 제공할 것을 요청하였다. 그 조항에 따라, 당사국들의 입장을 확인한 법정은 필리핀의 요청을 인정하는 것이 상황상 그것이 적절하지 못하다고 결정하였다. 기록관은 2001년 3월 15일자로 필리핀, 인도네시아와 말레이시아에 그 결정을 전달하였다.

7. 2001년 3월 13일, 필리핀은 재판소 규칙 62조에 의거하여 사건에의 소송참가를 허가해 달라는 신청서를 재판소 등기소에서 정리하였다. 그 신청서에서 필리핀은 이는 “그 청원서와 구별된 별개의 행위로서의 청원서와 첨부문서들의 사본 요청”으로 간주된다는 것과 후자는 “영향을 미치지 않으며 필리핀 정부에 의해 만들어진 앞서의 의뢰들로부터 독립된 것임”을 설명했다. 신청서에 따르면, 현재 사건에서의 결정에 의해 영향을 받는 필리핀의 법적 이익은, “조약, 협정과 당사국들에 의해 제공되고 북보르네오의 법적 지위에 대한 문제에 직간접적인 관련을 가지고 있는 재판소에 의해 인정된 다른 증거들에 단독적, 배타적으로 다루어진다. 필리핀인들 역시 요청된 간섭의 목적이 다음과 같음을 지적하였다.

“(a) 첫째, 리기탄과 시파단 도서에 대한 주권의 문제에 대한 재판소의 결정에 의해 북보르네오 영역에 대한 지배권과 주권에 대한 주장으로부터 제기된 필리핀 공화국 정부의 역사적, 법적 권리들을 이러한 권리들이 영향을 받거나 혹은 영향을 받을 수 있는 범위에서 보전하고 수호하기 위하여
(b) 둘째, 존경하는 재판소에 대해 재판소의 결정에 의해 영향을 받는 필리핀 공화국의 역사적, 법적 권리들의 본질과 내용을 알려드리기 위한 절차에 소송참가하기 위하여
(c) 셋째, 포괄적인 분쟁의 방지에 있어서의 존경하는 재판소의 필수불가결한 역할과 이것이 단순한 법적 논쟁의 해결을 위한 것이 아님을 좀 더 온전하게 인식시켜드리기 위하여“

나아가 필리핀은 그 신청서에서 이는 리기탄과 시파단 도서의 주권에 관련하여 재판소 앞에서 변론할 당사국이 되기 위한 것이 아님을, 그리고 그 신청서는 “이 신청서가 성공하기 위한 요구조건으로서 재판권에 대한 독립한 자격을 필요로 하지 않는다는 규정인 62조에만 근거한 것임”을 진술하였다.

8. 2001년 3월 14일, 재판소 규정 83조 1항에 따라 기록관은 이 사건에서 두 당사국인 인도네시아와 말레이시아에 대한 소송참가 허용을 위한 신청서의 사본을 유엔 사무총장은 물론, 유엔의 구성국들과 재판소 앞에 설 자격이 있는 다른 국가들에게 송부하였다. 동시에, 사건에 대한 양 당사국들은 소송참가 허가를 위한 신청서에 대한 기술된 소견을 늦어도 2001년 5월 2일까지 제공하도록 요청 받았다. 그들 각각은 그러한 목적을 위해서 확정된 기일 제한 안에 그러한 소견을 제출하였다. 그러한 소견들은 당사국들 사이에 교환되었고, 필리핀에 전달되었다. 그들의 기재된 소견에서, 인도네시아와 말레이시아 모두 필리핀에 의해 제출된 소송참가 허가에 대한 신청서를 반대하였다. 그에 따라 2001년 5월 11일의 문서에 의해 당사국들과 필리핀 정부는, 재판소가 소송참가를 원하는 국가인 필리핀과 그 사건의 당사국들의 의견을 듣기 위한 재판소의 규칙인 84조 2항에 따라 공개 개정을 유지한다는 공지를 받았다.

9. 특별히 샤하부딘 판사가 2001년 3월 20일 그의 임무를 사임하였는데, 2001년 5월 17일 등기소로부터 받은 편지에 의하면 인도네시아는 재판소에 당국 정부는 그를 대신하여 토마스 프랑크를 선택하였음을 통지하였다.

10. 재판소는 당사국들의 입장을 확인한 후에, 소송참가허가 신청과 거기에 첨부된 문서들에 대한 양 당사국의 기재된 소견, 구두 절차의 개시 시점에 공공에게 접근이 가능하도록 할 것을 결정하였다.

11. 2001년 6월 25, 26, 28, 29일에 개최된 공개 개정에서, 재판소는 필리핀의 소송참가 허가 신청을 승인할 것인지에 대한 문제에 관한 다음과 같은 구두 진술과 답변을 들었다.

For the Philippines:
H.E. Mr. Eloy R. Bello III,
Mr. Michael Reisman,
Mr. Merlin M. Magallona

For Indonesia:
H.E. Mr. Hassan Wirajuda,
Mr. Alain Pellet,
Mr. Rodman R. Bundy.

For Malaysia:
H.E. Mr. Tan Sri Abdul Kadir Mohamad,
Mr. Jean-Pierre Cot,
Sir Elihu Lauterpacht,
Mr. James Crawford.

12. 소송참가에 대한 허가 신청에 있어서, 필리핀 정부는 결론적으로 다음과 같이 진술하였다.

“존경하는 재판장님, 인도네시아 공화국 정부와 말레이시아 정부 사이의 소송절차에서의 소송참가를 위한 허가 신청서의 적절성과 유효성을 인정하여 주시기를, 동일한 것을 승인하기 위해, 그리고 재판소 규칙 85조에 따른 이러한 소송절차에서의 참여를 위하여 요청합니다.”
인도네시아는 필리핀에 의한 소송참가허가 신청서에 대한 그의 기술된 의견서에서 다음과 같이 결론내렸다. “필리핀은 자신이 그 사건에 대한 결정에 의해 영향을 받는 법적 이익을 가지고 있다는 것을 입증하지 못하였습니다. 따라서 그 신청서는 거부되어야 합니다.”
말레이시아는 필리핀에 의한 소송참가허가 신청서에 대한 그의 기술된 의견서에서 다음과 같이 결론내렸다. “필리핀은 소송참가를 위한 권리를 가지고 있지 않을 뿐더러, 그렇게 할 주장도 없습니다. 말레이시아는 재판소에 대해 그 요청을 거절하여 주시기를 권유드립니다.”

13. 구두변론절차에서 그것은 다음과 같은 결론의 수단으로 진술되었다.

필리핀 정부를 위하여.

2001년 6월 28일의 심리(hearing):

“필리핀 공화국 정부는 재판소 규칙 85조에서 제공된 처방을 구하고 있습니다. 소위,
- 1항 : 소송참가하는 국가는 청원서와 첨부문서들의 사본을 제공받으며, 재판소에서의 확정을 위한 시기 제한 내의 기재된 진술을 제출할 권한이 부여된다; 그리고
- 3항 : 소송참가하는 국가는 구두변론절차에서 소송참가의 주된 문제에 대한 견해와 함께 자신의 소견을 제출할 권한을 부여받는다.“

인도네시아 정부를 위하여.

2001년 6월 29일의 심리:

“인도네시아 공화국은 필리핀 공화국이 리기탄과 시파단 도서의 주권에 대한 이 사건에 소송참가할 권리를 승인받아서는 안 됨을 정중하게 제안합니다.”

말레이시아 정부를 위하여.

2001년 6월 29일의 심리: “[말레이시아]는 재판소는 필리핀의 신청서를 거부해야 할 것을 [요청합니다].”