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134. 재판소는 먼저 동부 그린랜드 법적 지위 사건 의 상설국제사법재판소 성명을 원용한다:

“할양조약과 같은 권원이나 특별한 행위에 근거하지 않고 권한의 계속적 전개에만 근거하는 영유권 주장시에는 제시하여야하는 두 가지 요소가 있다: 주권 행위로서의 의도와 의지 그리고 이러한 권한의 실질적 행사나 전개. 특정 영토에 대한 영유권 주장 판결을 해야 하는 재판소가 고려해야 하는 또 다른 상황은 그러한 영유권 주장을 타국이 어느 정도까지 주장하였는가이다.”

상설재판소는 계속해서:

“타국이 보다 우월한 주장을 내놓을 수 없다면, 여러 경우에 재판소가 주권의 실질적 행사 과정에 거의 만족하지 않았음을 알지 못한 채 영유권에 관한 결정적 기록을 읽기는 불가능하다. 특히 인구가 적거나 정착민이 없는 국가에 있는 지역의 영유권 주장의 경우에는 사실이다.” (PCIJ Series A/B No. 53. pp.45-46).

특히 인간이 거주하기 않거나 상주하지 않는 리기탄과 시파단과 같은 소규모 도서이며 경제적 중요성도 거의 없을 경우 (적어도 최근까지는) 그 실효성은 일반적으로 기대하기 어렵다.

135. 재판소는 당사국간 분쟁이 구체화된 일자 이후에 발생한 행위를 고려할 수는 없다는 것이며, 다만 그러한 행위가 정상적인 이전 행위의 계속이며 당사국들이 의존하는 법적 입장을 개선할 목적으로 시도되지 않는 경우는 예외이다라고 한다. 그러므로 재판소는 당사국들이 리기탄 및 시파단에 관한 주장이 충돌했다고 주장한 해인 1969년 이전 기간부터의 실효성 문제를 먼저 분석한다.

136. 재판소는 마침내 분쟁도서에 대한 특별한 언급에 관하여 의심이 여지가 없는 권한의 표시가 되는 행위를 고려할 수 있다는 것을 알게 된다. 그러므로 규정이나 일반적 성격의 행정행위가 리기탄 및 시파단에 적합한 조건이나 효과에서 나온 것이 분명하다면 이들 도서에 관한 실효성으로 간주될 수 있다.

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137. 인도네시아가 의존해 왔던 실효성에 관하여, 재판소는 주장된 실효성 중 어느 것도 입법적 또는 규범적 성격을 가진 것은 없다라는 것을 지적한다. 또한 재판소는 인도네시아가 군도기선을 획선한 1960년 2월 8일의 법률 제4호와 그 부속지도가 관련기점 또는 변환점으로서 리기탄 및 시파단을 언급 또는 지칭하지 않는다라는 사실을 무시할 수 없다.

138. 인도네시아는 먼저 리기탄 및 시파단 주변수역에서의 네덜란드와 인도네시아 해군의 계속적 존재를 인용하며, 특히 1921년 11월 네덜란드 구축함 Lynx의 항해를 원용한다. 본 항해는 보르네오 수역에서의 해적 퇴치를 위한 영국과 네덜란드의 합동작전의 일부였는바, Lynx 함장에 의하면, 무장 소형선박이 해적활동 정보수집을 목적으로 시파단에 파견되었고 수상항공기가 동 도서 상공 정찰비행을 하였고 이어서 리기탄 상공으로도 비행하였다. 인도네시아는 이러한 작전을 통하여 결론내리기를, 네덜란드가 동 도서 상공을 자국 영공으로 간주하였으므로 동 도서는 따라서 네덜란드 영토가 된다라고 한다.

139. 재판소의 견해로는, Lynx 함장의 보고서나 네덜란드가 인도네시아 해군의 정찰 및 초계활동과 관련하여 인도네시아가 제출한 기타 문서 어느 것으로부터도 해군 당국이 리기탄 및 시파단 그리고 주변 수역이 네덜란드나 인도네시아 주권에 속한다고 추론할 수 없다고 한다.

140. 마침내 인도네시아는 리기탄 및 시파단 주변수역이 전통적으로 인도네시아 어민들에 의해 사용되어 왔다고 언급한다. 그러나 재판소는 私人에 의한 활동은 동 활동이 정부권한으로 또는 공식적 규정을 근거로 이루어지지 않는다면 실효성이 있는 것으로 볼 수 없다고 한다.

141. 재판소는 결론 내리기를, 인도네시아가 주장했던 활동들은 영유권 취득 의도에 영향을 미치는 주권적 권원이 되지 못한다고 한다.

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142. 말레이시아가 주장했던 실효성에 관하여, 재판소는 1930년 협약에 따라 미국이 리기탄 및 시파단에서 향유할 수 있는 어떠한 권리도 포기하였고, 어느 국가도 당시 이들 도서에 대한 영유권을 주장하지도 않았다며 북부 보르네오 국가의 계속적 행정 관할에 반대하지도 않았다고 한다. 재판소는 또한 동 협약 체결전에 일어났던 활동들이 주권적 권원의 행위로 볼 수 없으며, 영국은 당시 3마일 한계 이원의 도서에 대하여 북부 보르네오 국가를 대표하여 영유권을 주장하지도 않았다라고 한다. 그러나 영국이 북부 보르네오회사가 동 도서들을 행정관할할 자격이 있다라는 입장을 취하고, 1907년 이후 미국에 의해 공식적으로 인정되었다는 입장을 취한 이래, 이러한 행정 활동은 어느 것도 무시될 수 없다라고 한다.

143. 동 도서들에 대한 효과적 행정의 증거로서, 말레이시아는 당시 이 지역에서의 경제적으로 중요한 활동이었던 리기탄 및 시파단에서의 거북이 알 수집에 대해 북부 보르네오 국가가 취한 통제 및 규제들을 인용한다. 특히 말레이시아는 1917년의 거북이 보존법령을 언급하는데, 동 법령의 목적은 거북이 생포와 거북이 알 수집을 “북부 보르네오 국가 또는 그 영수내”에서 제한하는 것이었다. 재판소는 동 법령이 이에 관하여 허가제를 규정하고 거북이 알 수집을 위하여 留保地를 만들었고 이들 유보지 중 하나에 포함된 도서에 시파단이 등록되었다.

말레이시아는 1917년 거북이 보존법령이 적어도 1950년까지 적용되었다는 문서를 인용하면서, 이 점에 관해서 예로서, 칙령 제2장에 따라 거북이 생포를 허가하는 Tuwau지방관리가 발행한 1951년 4월 28일의 허가증을 인용한다. 재판소는 이 허가증에 시파단, 리기탄, Kapalat, Mabul, Dinawan 및 Si-Amil 도서를 포함한 지역에 적용되었다고 한다.
또한 말레이시아는 1930년 이전과 이후 특별한 경우에 행정 당국이 시파단에서의 거북이 알 분쟁을 해결했다는 것을 언급한다.

144. 말레이시아는 1930년 토지법 제28에 따라 1933년 시파단이 “조류 보호목적 유보지”로 되었다는 사실을 언급한다.

145. 재판소는 거북이 알 수집을 규제하고 통제하기 위해 취한 조치 및 조류 유보지 설정시에 시파단 명칭이 명기되었으므로 이를 이 지역에 대한 행정당국의 규제 및 행정조치로 볼 수 있다는 견해이다.

146. 또한 말레이시아는 북부 보르네오 식민지가 1962년 시파단에 등대를, 그리고 1903년에 리기탄에 또 다른 등대를 건설했다는 사실을 상기하면서, 이 등대들이 오늘날까지 존재하며 독립 이래 말레이시아 당국에 의해 관리되어 왔다고 한다. 말레이시아는 이러한 등대의 건설과 관리가 관련 지역에 대한 국가 권한행사의 적절한 형태라고 주장한다.

147. 재판소는 등대 및 항해 보조기구의 건설과 운용이 명백한 국가 권한행사의 정상적인 표시로 고려되지는 않는다라고 한다. 그러나 재판소는 카타르-바레인간 해양경계 및 영토문제 사건 의 판결을 인용한다. 동 판결은 다음과 같이 언급한다:

“지하수 시추와 같은 바레인이 제기한 일정한 형태의 활동이 주권적 권원을 행사한 행위로 본다는 것은 논쟁의 여지가 될 수 있다. 한편, 항해 보조기구의 건설은 소규모 도서의 경우 법률적 관련성이 있을 수 있다. 본 사건에서 Qit'at Jaradah의 규모를 고려해 볼 때, 동 도서에서의 바레인 활동은 이에 대한 주권을 향유한다는 바레인 주장을 지지하기에 충분한 것으로 고려되어야 한다.” (Judgment, Merits, ICJ, Repots 2001, para, 197).

재판소는 현 사건에도 상기와 같은 고려가 적용된다라는 견해이다.

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148. 재판소는 말레이시아가 자신의 이름으로 그리고 영국의 승계국 이름으로 수행하여왔던 활동들이 수적으로 많지는 않았으나 그 성격이 다양하며 입법적, 행정적 및 준 사법적 활동까지도 포함하고 있다고 한다. 이들 활동이 상당한 기간에 걸쳐 이루어지고 다양한 행정행위를 한 것으로서 이들 행위가 양 도서에 관하여 국가기능을 행사하려는 의도를 나타낸 것이라고 볼 수 있다.
또한 재판소는 당시 이러한 활동이 수행되었을 때 인도네시아나 그 승계국인 네덜란드도 이러한 활동에 대한 불일치 또는 항의를 표명하지 않았던 사실을 무시할 수 없다. 이에 관하여 재판소는 1962년과 1963년 인도네시아 당국이 북부 보르네오 식민지 당국 또는 독립 이후 말레이시아를 상기시키지도 않았으며, 그 당시 인도네시아의 영토라고 고려되었던 장소에서 말레이시아의 등대 건설에 대해 인도네시아는 아무런 언급도 없었는데 북부 보르네오 밖 수역에서의 안전항해에 특히 중요한 지역에 설치된 것이 이들 등대라고 하더라도 이러한 행위는 통상적이지 않다라고 한다.

149. 본 사건의 주어진 상황과 특히 당사국들이 제공한 증거를 통하여, 재판소는 말레이시아가 상기에 언급한 실효성을 근거로 리기탄 및 시파단에 대한 권원을 향유한다고 결론 내린다.