위에서 언급한 바와 같이 2009년도에는 3구역의 발굴이 진행되었으며, 그 자료들은 크라스키노 성지뿐 아니라 연해주의 발해고고학을 연구하는 데에 매우 중요한 자료들이다. 각 구역별로 간단하게 이번 발굴의 성과를 정리해보겠다.

① 41구역의 발굴은 크라스키노 성지에서 가장 고지대에 해당하는 서북쪽에 해당되며, 이전에 사원지가 발굴된 지역과도 연접한 구역이다. 사원의 구획과 함께 성지의 공간적 배치와 관련하여 그중요성이 일찍이 제기되어 왔고, 그에 따라 한국팀이 2008년도부터 생토까지 모두 발굴을 할 수 있었다. 그 결과 3개의 문화층이 발굴되었고, 각각의 층에서 비교적 뚜렷한 주거지와 유구들을 확인할 수 있었다. 특히 8호 주거지는 레벨의 수치로 볼 때 이전에 사원의 근처에서 발굴된 기와실과 같은 레벨로 보인다. 즉 두 유구 모두 2문화층에 해당되는데, 이는 곧 크라스키노 성지에 사원과 기타 관공서에 필요한 기와가 대량으로 필요한 시기였음을 의미한다. 그렇지만, 실제로 사원과 8호 주거지 사이에 해당하는 41구역에서는 별다른 유구의 흔적이 없이 지속적으로 물이 흐른 비문화층이 지속적으로 존속했음도 확인할 수 있었다. 그 의의에 대해서는 고찰부분에서 따로 살펴보겠다.
② 42구역: 올해에 처음으로 남쪽구역의 발굴을 시도했지만, 걱정했던 대로 지하수가 너무 많이 올라왔으며, 호우로 인해 제대로 발굴을 할 수 없었다. 하지만 도로를 구축하는 데에 사용되었을 것으로 추정되는 거친 모래, 조개껍질, 재, 목탄 등 각종 생활폐기물이 넓게 분포된 것을 확인할 수 있었다. 게다가 이렇게 도로 위에 뿌려진 다양한 생활폐기물이 토양의 산성을 중화시켜서 많은 유기물들이 남겨지기도 했다. 현재까지의 발굴로는 주거지 주변의 도랑을 발견하지는 못했지만 향후 이 구역의 동편을 절개해서 조사한다면 그 유구도 확인할 수 있을 것으로 기대한다. 하지만 이번 발굴에서 확인된 바, 42구역의 서쪽구역은 지대도 약간 낮으며 지하수의 용출이 너무 심하기 때문에 당분간은 발굴을 할 수는 없을 것으로 생각된다. 2009년도의 조사로 우리는 남쪽 구역의 상황에 대해 단편적이나마 정보를 얻을 수 있었다.
③ 40구역: 2008~2009년의 조사를 통해서 인접한 34구역과 마찬가지로 모두 5개의 건축층을 조사했다. 각 건축층별로 주거의 밀도는 다른데, 특히 3건축층의 유구밀도가 가장 높았다. 하지만 발굴구역을 주변으로 확대한다면 실제로는 좀 더 다른 결과가 나올 가능성도 있다. 그에 대한 간접적인 증거로 각 층별로 출토된 토기의 양을 들 수 있는데, 실제로 출토된 토기의 양은 상층으로 올라갈수록 많아진다. 이는 곧 상층으로 올라갈수록 주거지의 밀도가 높을 수도 있음을 반증한다. 한편 아주 작은 토기편이지만 3~4건축층 사이에 서 定窯제 토기편이 비록 한 점뿐이지만 출토되었다. 이 출토 상황을 신뢰한다면 4건축층의 상부는 적어도 8세기 말~9세기 초로 편년됨을 의미한다.

여기에서 발굴된 주거지는 온돌이 설치된 지상 주거지와 노지가 설치된 수혈 주거지로 나뉜다. 이들 주거지는 공존했으며, 전면 발굴된 2기의 주거지는 모두 수혈식이었다. 일부분만 조사된 온돌이 갖춰진 주거지도 있었는데, 비록 완벽한 형태는 아니었지만 발견된 온돌을 통해서 배연구, 굴뚝, 주변의 기둥구멍 등 세부적인 구조의 일부를 파악할 수 있었다. 하지만 현재까지의 정보로는 전반적인 온돌의 구조를 밝힐 수는 없었다.
저장움의 경우 그 벽을 진흙으로 바른 흔적도 있는데, 아마 저장음식을 원활하게 보관하기 위해서인 듯하다. 벽을 진흙으로 다지는 흔적은 일부 기둥구멍에서도 확인되었다.
대부분의 발굴구역에서는 선철의 덩어리가 나온 것으로 볼 때에 각 건축층에서는 모두 성지 내에서 대장간이 있었던 것으로 추정된다.
2009년에는 이전과는 달리 부유법(플로테이션) 기법으로 샘플을 채취한 결과 약 150개에 이르는 고식물학적 자료를 얻을 수 있었다(제4부 참조). 이 샘플을 분석한 세르구세바의 분석에 따르면 크라스키노에서 확인된 고식물학적 자료는 8종의 재배곡물을 비롯하여 잡초와 다년초 식물들이 발견되었다. 2009년도 발굴조사를 통해 서 당시 주민들이 이용했던 식물의 종류는 이전에 알려진 것보다 더 많음이 확인되었다.
또한 전체 발굴구역에서 발굴된 유물 중에는 당시 발해인들의 정신세계를 알 수 있는 유물들도 확인되었다.
또한 성지의 각 구역마다 건축층(문화층)의 수를 파악할 수 있었으며, 문화층의 퇴적 상황에 대한 정보도 파악할 수 있었다. 하지만 각 문화층의 연대, 주거지 내부의 구조, 각 문화층별로 고고문화의 특징 및 경제체계 등 많은 문제는 향후 해결되어야 할 것이다.