2008년도에 복토한 것을 제거한 후에 본격적인 발굴조사가 시작되었다(그림 6, 7). 발굴은 지층과 분층(인공층위)으로 진행되었는데, 10cm 이내의 두께로 차례로 지층을 벗겨내며 조사했다. 또한 유구(예컨대 토기의 집적, 적석, 다양한 유기체의 집적, 탄화된 목재, 석열구조) 등을 조사할 때도 동일한 방법을 이용했다. 유구가 노출되었을 경우에 최대한 정밀하게 그 맥락을 파악하려고 했으며 발굴의 여러 구역에서 드러나는 유구와 층위를 같은 레벨에서 검토하고자 했다. 이와 같이 모든 유적구 유물들은 분층별로 정리되었으며 그 분층에 따라 하나의 평면도에 표시되었다. 40구역의 일련번호와 평면도는 2008년도의 자료기록에 이어서 표기되었다.
2008년도에 6분층까지 발굴한 구역을 다시 복토하고 정리해서 계속 발굴을 할 수 있는 상태까지 정리한 후에 그림으로 정리했다(평면도 9, 그림 8~12). 바닥을 정리할 때에 В-17 격자에서 주철제 솥의 다리편이 출토되었다(유물번호 6, 그림 13, 14). 가운데 둑을 정리하는 과정에서 둑의 동편인 격자 В-15에서 두 점의 철못이 출토되었다(유물번호 1, 2, -107, 그림 15, 16).