문제점 1. 독도가 주인 없는 땅이라는 일본 주장의 문제점
일본은 독도가 주인 없는 땅이라고 하여 독도를 불법적으로 일본에 편입하였다. 그러나 우리나라는 오래전부터 독도를 우리의 영토로 관리해 왔으며, 1900년 ‘대한 제국 칙령 제41호’를 통해 독도를 포함한 울릉도를 군으로 승격시켰다.

문제점 2. ‘시마네 현 고시 제40호’의 절차상의 문제점
일본 정부는 독도의 불법 편입을 우리 정부에 통보하거나 그와 관련하여 우리 정부와 어떠한 협의도 하지 않았다. 또한 일본 정부의 관보에 고시하지도 않았다.

문제점 3. 나카이 요자부로의 청원에 대한 내무성의 반응
나카이 요자부로의 청원에 대해 내무성은 조선의 영토로 보이는 독도를 일본 영토로 편입할 경우 일본의 침탈 야욕을 의심받을 수 있어서 반대했다.