‘동북공정은 사업시행 초기에 고구려사를 집중적으로 연구했다. 고구려사를 중국사라고 강변하는 내용이 주를 이루었다. 이로 인해 ‘동북공정’은 ‘중국의 고구려사 왜곡’, ‘고구려사 빼앗기 사업’ 등으로 알려졌다. 더구나 ‘동북공정’의 내용이 보다 구체적으로 알려지면서, 고조선·발해의 역사까지 중국사로 편입시키려 한다는 것이 밝혀졌다. 더 나아가 한반도의 정세 변화에 대비한 역사적 명분 마련을 위한 중국의 국가전략이라는 것도 드러났다.