독도는 괭이갈매기를 비롯해 바다제비, 슴새, 알락할미새, 섬참새 등 약 139종의 조류가 서식하는 곳이다. 특히, 독도는 괭이갈매기와 슴새, 바다제비의 번식지로 이들 새들을 보호하고 있다. 조류 이외에 곤충이 서식하고 있는 것으로 알려져 있으며, 무척추 동물은 약 370종, 해조류 약 223종이 현재 서식하고 있는 것으로 보고되고 있다. 2004년 발견된 독도의 미생물인 ‘동해아나 독도넨시스(Donghaeana dokdonensis)’는 2006년 미생물 분류학의 저명 학술지에 소개되었다.
독도의 해양 생물로는 오징어, 꽁치, 문어, 뱅에돔, 개볼락, 조피볼락 등의 어류와 전복, 해삼 등의 패류, 미역 등의 해조류가 서식하고 있다.