2009년도 크라스키노 성지 발굴은 2007년 3월 30일에 교부된 「현장 발굴조사에 대한 지침」에 따라 이루어졌다. 발굴구역 선정은 연해주 발해의 표지유적인 이 성지유적의 포국, 평면형태, 사원유적과 주변 건물지의 편년, 거주지역의 주거지 분포확인, 그리고 각 건축층에 대한 주거지 및 유구 확인 등을 주목적으로 했다.
발굴의 사전작업은 통상적인 절차를 따랐다. 먼저 발굴대상구역의 잡초와 쓰레기를 제거, 구획을 하고 1m 간격으로 격자를 친 뒤 각 지점을 측량했다. 2008년도에 발굴이 이미 진행된 구역은 작년 발굴 후 복토^{주 011}

각주 011)

러시아의 발굴지침은 모든 발굴이 종료된 후에는 반드시 복토하고 복토한 정황을 보고하도록 되어 있다. 이는 같은 구역에 연차발굴을 하는 경우에도 적용된다.

한 것을 제거한 후 올해 발굴을 진행했다. 발굴은 층위에 따라 제거하는 것을 원칙으로 했으나, 하나의 지층이 지나치게 두꺼울 경우에는 잠정적으로 10cm 정도 두께로 흙을 제거했다. 모든 출토 유물은 층위 및 평면적 위치를 그림에 기록했으며, 사진으로도 증거를 남겼다. 모든 유구, 주거지, 저장움, 둑, 벽 등은 그림과 사진으로 남겼다. 토양의 색깔을 구분하는 기준으로는 먼셀의 도표를 이용했다. 각 분층을 정리할 때마다 1m 격자를 간격으로 레벨을 측량했다. 또한 지층의 경계, 유구, 중요 유물, 토기나 동물뼈가 다량으로 출토된 지점 등에 대해서도 평면으로 기록하고 그 레벨을 측량했다. 중요 유물은 각 유물의 종류에 따라 정해 놓은 기호로 표시했으며 유물이 대량으로 나온 경우도 평면에 별도의 약호로 표시했다.
다양한 유구의 충전토(재구덩이, 주거지의 수혈)는 0.25mm 간격의 물로 플로테이션을 했다. 발굴현장에서 유물의 넘버링, 그림작성, 복원, 그리고 일부 유물을 촬영했다. 또한 대량으로 출토되는 유물의 통계적인 분석도 했다. 나머지 작업은 연구소에서 이루어졌다. 이러한 모든 유물의 분석과정에는 각 유물과 생태유물의 정보(발굴구역, 층위, 평면적 위치, 유구 등)를 함께 기록하였다. 또한 작업과정에서 출토되는 목탄들은 수종측정 및 탄소연대측정을 위해 수거하였으며 동물뼈 및 패각류도 모두 모았다. 전 작업과정 중에서 출토되는 목탄은 방사성 탄소연대측정과 수종분석을 위하여 샘플을 채취했다. 또한 모든 동물뼈, 패각 등도 채집했다.
발굴작업과 동시에 지구물리학적 탐사도 병행했다. 발굴을 시작하기 전에 표토의 지자기와 전기저항을 각 1m별로 측정했다. 또한 각 층을 정리할 때마다 0.5×0.5m 간격으로 카파메트리를 측정해서 총 6,346 포인트를 측정했다.
현장에서 할 수 없었던 작업은 연구소에서 이루어졌으며, 발굴유물과 함께 동물뼈에 대한 고식물학·동물고고학적 분석도 이루어졌다.
발굴이 끝난 후에는 향후 같은 지역에서 발굴이 진행될 경우에 따라 비닐덮개를 덮고 복토하여 향후 발굴에 대비했으며, 발굴이 끝난 경우는 완전히 복토했다.