고려는 수도를 강화로 옮기고 40여 년 동안 몽골에 맞섰으나, 결국 강화를 맺고 개경으로 환도하였다. 고려는 몽골에 정복되거나 종속국이 되지는 않았으나 내정 간섭은 피할 수가 없게 되었다. 몽골의 황제 쿠빌라이는 국호를 원으로 고치고 두 차례에 걸친 일본 원정을 단행하였고, 고려에서 병사, 선박, 무기, 식량 등 많은 인적·물적 자원을 동원하였다.
여·몽 연합군은 1274년과 1281년 두 차례 일본으로 건너갔다. 원은 1차 원정을 위해 4만 명의 군대와 900여 척의 함선을 동원하였고, 이 중 300여 척은 고려에서 건조한 것이었다. 여·몽 연합군의 1차 원정은 일본 가마쿠라 막부의 저항과 태풍으로 인해 실패로 끝났지만, 원은 포기하지 않고 개경에 정동행성을 설치하여 2차 원정을 준비하였다. 원은 2차 원정군을 고려에서 출발하는 동로군과 중국 본토에서 출발하는 강동군으로 나누어 편성하였다. 2차 원정은 동로군 함선 900척에 4만여 명, 강동군 함선 3,500척에 10만여 명을 동원하여 1차 원정에 비해 훨씬 대규모의 원정이었지만 역시 태풍으로 인해 실패하고 말았다.