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1895年日本在中日战争中获胜，占领了台湾和辽东半岛，成为了远东霸主，但在 三国干涉下，不得不退还辽东半岛。此后，日本和俄罗斯达成协议，约定均不干涉韩国内政。但是以1900年清朝义和团事件为契机，俄罗斯在事实上占领了满州并继续推行南下政策，后俄日两国就满州和朝鲜半岛(韩半岛)主导权问题开始了又一轮角逐。在这种情况下，日本于1904年2月23日强行签订 韩日议定书后，开始对韩国实施兵站基地化。
1904年2月8日，日本舰队突袭旅顺港的俄罗斯舰队，引发了日俄战争。日本海军为监视俄方舰队动态，从开战前就开始在济州岛、巨文岛、郁陵岛等和蔚山、竹边湾等设立岗楼。1904年8月，在郁陵岛也设了两个岗楼。
1905年5月27~28日的海战中，日本联合舰队一举摧毁了俄罗斯波罗的海舰队，整体战局有利于日本，在这个过程中独岛的战略价值十分突出。1905年7月，在独岛也建立了岗楼，从而经过郁陵岛、独岛，再到日本岛根县松江，建成了军用通信线路体系。1905年9月5日，签订 朴次茅斯和约(Treaty of Portsmouth)后，日本就韩国的优先权获得了俄罗斯的认可，以后开始大举侵略韩国。


日俄战争当时，日本已经开始意识到郁陵岛和独岛的军事价值，之前日本已经有过多次收编国外无人岛屿的经验，在此基础上，日本一直在寻找着收编独岛的机会。看好独岛 海狮 项目前景的岛根县渔业家 中井养三郞(中井养三郞 :1864~1934年)计划向朝鲜政府申请独岛垄断权，并与日本官僚们进行了商讨。在此过程中，日本海军省官吏注意到了独岛的战略性地位，以‘独岛既是无主领土，且距离也与日本本土较近’为由说服中井，使其于1904年9月29日向内务省、外务省、农商务省等三大臣提交了《利扬库尔岛 领土收编及贷下愿》。

19世纪中期日本收编岛屿步骤

当时，日本内务省认为‘如果把被视作韩国领土的独岛收编为日本领土，会被怀疑日本怀有帝国主义侵略的野心’，本欲将请愿书驳回。但外务省认为，‘在独岛建立岗楼、安装无线或海底电缆，不是刚好可以监视敌舰动向？’，于是力主收编领土。
1905年1月28日，日本政府以此请愿书为依据，在内阁会议以‘无人岛所属相关事宜’通过了收编决定后，于2月22日以岛根县告示第40号公告了这一事实。日本政府未与大韩帝国进行任何交流，擅自采取措施把独岛收编为日本领土。


日本收编独岛在国际法上是无效的。因为，1905年当时独岛并非无主地。日本就领土收编依据称，1905年当时独岛属于没有主人的无主地，且本国渔民在此从事渔业，认为有必要确定独岛的名称和所属，才依国际法予以收编，主张了所谓的‘无主地先占论’。
但是，韩国在很早以前已经认定独岛是韩国领土，1900年还以大韩帝国敕令第41号，在法律上重新进行过确认。日本的无主地先占论，与日本声称从17世纪开始实际上控制了独岛，属于固有领土的所谓‘固有领土论’自相矛盾。
同时，日本在收编独岛的步骤上也有问题。日本提前知会了美国等西欧国家，并与其进行了协商，然而却未与韩国进行协商，也未知会韩国，只单方面强行收编了独岛。独岛与日本编入自国岛屿的大部分岛屿不同，它位于韩国和日本之间，是与郁陵岛有关联的岛屿。更何况郁陵岛在17世纪曾是两国岛屿争端的对象。即便如此，日本在收编争夺郁陵岛主权时一同提及过的独岛这一过程中，没有知会对象国韩国。


据日本军舰新高的记录(1904.9.25)，‘利扬库尔岩，韩人称其为独岛，本邦渔夫称为利扬库尔岛。’
这说明日本政府在收编独岛的4个月以前已经知道韩国人在使用‘独岛’这一名称。


日本虽然收编了独岛，但没有刊登在官报上或知会有关国家大韩帝国。因此，大韩帝国在独岛被收编一年之后仍毫不知情。到了1906年3月底，岛根县官吏访问郁陵岛方才得知。由45人组成的视察团登上独岛视察后，再前往郁陵岛向郁岛郡守沈兴泽禀报了此事。沈兴泽吃惊之余于3月29日向江原道观察使署理春川郡守李明来禀告了此事。李明来再向参政大臣朴齐纯禀告此事，朴齐纯下达第3号指令，称‘独岛成为日本领土毫无根据，仔细察看岛屿情况和日本人的行为后再详实禀告’。(1906.5.20).


大韩帝国于1906年3月底才了解到独岛已被日本非法收编这一事实，但因当时已签订了 乙巳条约，设立了统监部，外交权已被剥夺，根本无法向日本提出抗议。但是《大韩每日新报》(1906.5.1)和《皇城新闻》(1906.5.9)以及历史学家 黄玹(黃玹：1855~1910年)刊登了抗议此事的文章。


独岛是海狮的集体栖息地。海狮皮、肉、油均有用途，是经济价值很高的物种。中井养三郞一直希望垄断独岛海狮捕杀项目，独岛被收编为日本领土后，立即联合三名渔户一起成立了合资公司，开始大肆捕杀海狮。
日本从1903年起捕获海狮，1905年到1910年为止，大概每年平均捕获了1,300余只海狮。由于这种滥捕，独岛的海狮逐渐消失，现今已在朝鲜半岛(韩半岛)灭绝。
此外，日本又在郁陵岛大举乱伐 槻木和大量采集乌贼、鲍鱼等，肆意掠夺岛屿资源。


在西方独岛被称为‘利扬库尔岩(Liancourt Rocks)’。因为法国捕鲸船利扬库尔号于1849年1月27日首次发现独岛后，按其船名禀告。因此，1851年法国海军制作的《太平洋全图》(1851年)上，独岛被标记为‘利扬库尔岩(Rochers du Liancourt)’，以此为契机被国际社会所了解。
此后，1854年俄罗斯舰Olivoutza发现了独岛，将西岛命名为Olivoutza、东岛命名为Menelai。因此1857年俄罗斯海军制作的海图《朝鲜东海岸图》中也准确绘制有独岛的位置
1855年，英国舰Hornet号发现独岛并测量了其位置，后英国海军省刊印的海图上将其标记为Hornet Is.。如上，西方对独岛的称呼有利扬库尔岩、Olivoutza•Menelai、Hornet Is.等多种。


郁陵岛先于独岛被西方人所了解。1787年法国的拉贝鲁兹舰队首次发现郁陵岛。舰长拉贝鲁兹取第一个目击人Dagelet的姓名，将郁陵岛命名为Dagelet岛。1791年年，英国的阿尔戈号发现郁陵岛，并命名为‘阿尔戈岛’，但经纬度测量有误，被绘成朝鲜半岛(韩半岛)和郁陵岛之间的又一座岛屿。